Магомед Гугуев родился в Грозном, однако футболом начал заниматься в ингушском городе Малгобек, учась в спецклассе. Профессиональную карьеру начал в ФК «Ангушт» в 2010 году. Затем три года отыграл в нальчикском «Спартаке», откуда перешел в ФК «Армавир».